Abp Tokarczuk pochodził z Łubianek Wyżnych, niewielkiej miejscowości należącej do parafii św. Antoniego w Zbarażu, w archidiecezji lwowskiej. W wieku 24 lat z rąk bp. Eugeniusza Baziaka przyjął święcenia kapłańskie. Przeżył okupację sowiecką i niemiecką. W 1944 r. zmuszony został do wyjazdu ze swojej pierwszej parafii w Złotnikach k. Podhajec z powodu gróźb ze strony nacjonalistów ukraińskich, a pod koniec listopada 1945 r. zmuszono go do opuszczenia sowieckiego już wtedy Lwowa. Po przyjeździe do Polski odbył studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim (1946-1951), które uwieńczył doktoratem i pracą naukową u boku prof. Czesława Strzeszewskiego. Zrezygnował z pracy na KUL-u po tym, jak uczelnia, zmuszona przez władze państwowe, zgodziła się obecność na swoim terenie komunistycznego Związku Młodzieży Polskiej. Ksiądz przeniósł się do Olsztyna, gdzie przez dziesięć lat (1952-1962) był profesorem filozofii i katolickiej nauki społecznej w Wyższym Seminarium Duchownym „Hosianum”. W 1962 r. powrócił na KUL, gdzie był adiunktem na Wydziale Teologicznym.
W grudniu 1965 r. papież Paweł VI mianował go biskupem przemyskim. Ówczesne władze państwowe najprawdopodobniej nigdy nie zgodziłyby się na tę nominację. Zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami, prymas Stefan Wyszyński powiadomił o kandydaturze premiera Józefa Cyrankiewicza, a ten przez trzy miesiące nie spojrzał na leżące na jego biurku pismo. Gdy minął termin na wniesienie zastrzeżeń co do kandydata, Stolica Apostolska natychmiast ogłosiła nominację. Na sprzeciw rządu było za późno. W roku milenijnym 1966 r., 6 lutego, ks. Tokarczuk z rąk kard. Wyszyńskiego przyjął święcenia biskupie.
Władze szybko rozpoczęły kontrofensywę wobec nowego biskupa. Rozpowszechniano pogłoski o jego rzekomo ukraińskim pochodzeniu – służby specjalne inspirowały artykuły w prasie ukraińskiej ukazującej się w Kanadzie i na Ukrainie, inwigilowano jego rodzinę, nagrywano kazania, a w szczególny sposób starano się ustalić jego kontakty z archidiecezją lwowską. Próbowano wykorzystywać księży przeciwko własnemu biskupowi. Kontrolowano jego korespondencję, założono podsłuch w rezydencji biskupiej. Kiedy bp Tokarczuk zaprotestował wobec władz w Warszawie, te oskarżyły go, że hamuje proces normalizacji stosunków między rządem Polski a Watykanem.
Najwięcej pretensji kierowano do biskupa za popieranie tzw. nielegalnego budownictwa sakralnego. W latach 60. i 70. niemal wszystkie prośby o zgodę na budowę nowych kościołów władza załatwiała negatywnie. Tymczasem w diecezji przemyskiej z poparciem biskupa wybudowano około 400 świątyń i kaplic. Obiekty powstawały bardzo szybko, były poświęcane przez biskupa, a nakładane grzywny spłacano wysiłkiem całej diecezji.
W walkę z bp. Tokarczukiem osobiście zaangażował się pierwszy sekretarz KW PZPR w Rzeszowie Władysław Kruczek, w latach 60. jeden z najbliższych współpracowników Władysława Gomułki. Ze strony zaś Służby Bezpieczeństwa – tacy spece jak późniejszy generał Zenon Płatek, którego „specjalizacją” w pracy operacyjnej było wywoływanie konfliktów wewnątrz instytucji kościelnych; to on w 1990 r. został oskarżony o sprawstwo kierownicze zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki i później uniewinniony przez sąd.
W czasie rządów Edwarda Gierka, gdy podjęto dialog ze Stolicą Apostolską, próbowano wymusić na niej zmianę ordynariusza w Przemyślu. Posłużono się nawet osobą watykańskiego dyplomaty abp. Luigiego Poggiego, który był szefem do stałych kontaktów roboczych z rządem PRL. Gdy w listopadzie 1977 r. bp Tokarczuk przebywał w Watykanie z wizytą ad limina Apostolorum, usłyszał od niego sugestię, aby zmienił swój stosunek do władz. „To był moment w moim duszpasterstwie czy moim biskupstwie najtrudniejszy, bo człowiek ma szacunek do Pana Boga, wie, kim jest papież, wie, czym jest Kościół, ale z drugiej strony – wie, czym jest prawda, czym jest sumienie, czym jest znajomość rzeczy, sytuacji” – wspominał ten moment bp Tokarczuk. Odmówił spełnienia tych sugestii, oddając się do dyspozycji papieża. Abp Poggi przeprosił bp. Tokarczuka kilka lat później.
