"Lalek" został dowódcą jednego z patroli w oddziale kpt. Brońskiego "Uskoka". Do jego zadań należało między innymi zbieranie informacji na temat aresztowań prowadzonych przez UB i ludzi współpracujących z bezpieką. Patrol Franczaka organizował zasadzki na funkcjonariuszy MO i wykonywał kary na konfidentach. Wszystko w dosyć ograniczonym zakresie, gdyż nasilały się działania komunistów przeciwko niepodległościowemu podziemiu zbrojnemu. Tylko w 1948 roku bezpieka i milicja przeprowadziły ponad 2 tysiące takich operacji.
Kolejna ucieczka
Zaciskała się również pętla wokół "Lalka". W maju 1948 roku udało mu się uciec z zasadzki, w której zginęło dwóch jego żołnierzy, a kolejnych dwóch zostało rannych. W grudniu tego samego roku funkcjonariusze MO, próbowali go schwytać w Wygnanowicach, gdzie przebywał u swojego współpracownika. Mimo postrzału w brzuch znów udało mu się uciec. W maju następnego roku bezpieka rozbiła oddział kpt. Brońskiego, a on sam zginął.
Od tej pory, przez kolejnych 15 lat, Józef Franczak ukrywał się samotnie. Tylko sporadycznie kontaktował się z innymi żołnierzami. W 1953 roku z ppor. Kuchcewiczem, jedynym ocalałym z oddziału "Uskoka" i Zbigniewem Pielachem "Felkiem", zorganizował akcję ekspropriacyjną na Kasę Oszczędności w Piaskach. Akcja zakończyła się niepowodzeniem i śmiercią ppor. Kuchcewicza.
Ostatnia szansa na ujawnienie W 1956 roku pojawiła się ostatnia szansa na wyjście z ukrycia. Na fali "odwilży" komuniści ogłaszają amnestię. Franczak zastanawia się nad ujawnieniem, ale po rozmowie z adwokatem, który nie pozostawia mu złudzeń, że czeka go długoletni wyrok, rezygnuje. Od początku lat 50. trwało formalne rozpracowywanie Franczaka przez ubecję. Operacja nosiła kryptonim "Pożar". Według danych SB, "Lalek" dysponował zorganizowaną siecią ludzi, którzy pomagali mu w ukrywaniu, miało to być około 200 osób.
Pod czujnym okiem Służby Bezpieczeństwa
Ponieważ Józef Franczak ukrywał się w swoich rodzinnych stronach, SB "szczególną opieką otoczyła" jego najbliższą rodzinę. U dwóch sióstr "Lalka" założono podsłuch. Próbowano werbować współpracowników wśród ludzi, którzy mogli mieć z nim kontakt . Prowadzono obserwację miejsc, w których mógł przebywać. Zastraszano tych, których podejrzewano o to, że pomagają Franczakowi i dokonywano perlustracji ich korespondencji. Mimo ogromnego nakładu sił i środków, działania SB, nie przyniosły rezultatu. W 1961 roku lubelska prokuratura wydała list gończy za Franczakiem, który został opublikowany w miejscowej prasie. Józef Franczak był wytrawnym konspiratorem – podkreśla Sławomir Poleszak – poznał znakomicie metody działania SB i dzięki temu przez tyle lat był dla nich nieuchwytny.
Zdradzony przez tajnego współpracownika
Działania SB nasiliły się na przełomie lat 50. i 60. Trwały poszukiwania kandydata na TW, który miałby bezpośrednie dojście do "Lalka". W styczniu 1963 roku, udało się esbekom wytypować odpowiedniego kandydata, którego szantażem zmuszono do współpracy. Był nim Stanisław Mazur, stryjeczny brat Danuty Mazur, towarzyszki życia Franczaka. Otrzymał on pseudonim TW "Michał". Wkrótce, w sprawie "Lalusia” nastąpił przełom, TW "Michał" nawiązał kontakt z Franczakiem. Pierwsze podejście do schwytania Franczaka miało miejsce 19 października. Akcja nie powiodła się ze względu na awarię sprzętu podsłuchowego w jaki wyposażony został Stanisław Mazur, ale dwa dni później "Lalek" został namierzony.
Zasadzka SB
21 października 1963 grupa operacyjna złożona z oficerów SB i 35 zomowców okrążyła zabudowania Wacława Becia, gdzie przebywał Franczak. Wywiązała się strzelanina, "Lalek" próbował uciekać. Po przebiegnięciu około 300 metrów został śmiertelnie ranny. Zwłoki Józefa Franczaka, po uprzednim przeprowadzeniu sekcji, zostały złożone w bezimiennej mogile na cmentarzu komunalnym w Lublinie. Dopiero w 1983 roku, rodzina otrzymała pozwolenie na przeniesienie ciała do rodzinnego grobowca. Wówczas okazało się, że zwłoki zostały pozbawione głowy. Stanisław Mazur do maja 1967 roku współpracował z SB. Za pomoc w schwytaniu Józefa Franczaka otrzymał 5 tys. złotych.
Skazani
Karę poniosły osoby, które pomagały "Lalkowi". W czerwcu 1964 roku Kazimierz Mazur został skazany na 3 lata pozbawienia wolności, a Wacław Beć na 5 lat. Doktor Sławomir Poleszak podkreśla, że Franczak do samego końca żył w przekonaniu, że nastąpi jakiś międzynarodowy konflikt w wyniku, którego Polska znowu będzie wolna.
17 marca 2008 prezydent Lech Kaczyński nadał pośmiertnie Józefowi Franczakowi Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.
